Als Erweiterung zum Konzept von öffentlichen und privaten Schlüsseln gibt es Zertifikate. Dabei wird der öffentliche Schlüssel von einer Zertifizierungsstelle (engl. Certification Authority, abgekürzt CA), digital signiert. Das ermöglicht bei größeren Installationen, dass eine Gegenstelle anhand der digitalen Signatur feststellen kann, ob ein Schlüssel gültig ist, ohne dass der Schlüssel selbst vorher installiert wurde.

Für das Intra2net System bringt eine solche Zertifizierungsstelle normalerweise nur wenig Vorteile, dennoch setzt das Intra2net System konsequent den Zertifikatsstandard X.509 ein. Dieser Standard hat sich in der Praxis anstatt einfachen Public-/Private-Key-Paaren durchgesetzt.

Um die Bedienung zu vereinfachen, erzeugt das Intra2net System normalerweise selbstsignierte Zertifikate, bei denen der Inhaber (Subject genannt) auch gleichzeitig der Zertifikatsaussteller (Issuer) ist. Dadurch sind bei der Bedienung keine zusätzlichen Schritte für die Verwendung von Zertifikaten nötig. Selbstverständlich können aber auch externe Zertifizierungsstellen verwendet werden.